Кожа крокодилов покрыта прямоугольными роговыми щитками, которые на спине и животе располагаются правильными рядами. Под спинными и реже под брюшными щитками развиваются остеодермы (костные пластины), образующие панцирь.
Костная система
Скелет крокодила
Череп диапсидный — с двумя височными дугами; подобное строение черепа имеют вымершие динозавры и современные клювоголовые. Позвоночник всех крокодилов имеет 9 позвонков в шейном отделе, 17 в туловище и от 35 до 37 в хвосте. Брюхо у крокодила защищено брюшными рёбрами, не связанными с позвоночником. Плечевой пояс состоит из лопатки и коракоида.
Органы дыхания
Носоглоточный проход отделён от ротовой полости вторичным костным нёбом, что позволяет крокодилу держать под водой пасть открытой, продолжая дышать через выставленные над водой ноздри (хоаны). При этом воду в дыхательное горло не пропускает особый клапан в глубине пасти (нёбная завеска), а воздух проходит в трахею по носоглоточному ходу позади клапана.
Лёгкие крупные, устроены сложно, вмещают большой запас воздуха; с помощью лёгких крокодил способен регулировать плавучесть. Часть мышц, окружающих лёгкие, используется для перемещения воздуха в лёгких, а вместе с ним и центра плавучести[1]. Есть диафрагма из соединительной ткани, приводится в действие с помощью печёночного насоса, в котором печень и свободно соединённые с тазом лобковые кости двигаются в переднезаднем направлении, меняя центр тяжести тела, что позволяет крокодилу принимать более удобное положение во время движения в воде и когда он охотится, прячась под водой.
Кровеносная система
Кровеносная система крокодилов совершеннее, чем у других современных пресмыкающихся. Сердце четырёхкамерное: имеет два предсердия и два желудочка, полностью разделённых перегородкой. Однако имеется механизм управляемого смешивания артериальной крови с венозной благодаря сохранению обеих дуг аорты, в месте перекреста которых имеется анастомоз (паницциево отверстие), и кровь может поступать из одной дуги в другую. Для ускорения пищеварения кровь в левой аорте (отсутствует, в частности, у млекопитающих и птиц), ведущей к пищеварительной системе, сменяется с артериальной на венозную, насыщенную углекислотой, что приводит к выработке желудочного сока, десятикратно превосходящей нормальную для млекопитающих[2]. Сильные антибиотики, содержащиеся в крови, помогают избежать заражения в загрязнённой воде[3].
Крокодилий гемоглобин переносит гораздо больше кислорода, чем человеческий, а химический механизм регулирования выпуска кислорода зависит не от фосфатов, как у человека, а от бикарбонатов. По этой причине крокодилий гемоглобин может работать вне красных клеток и не отравлять при этом почки (человеческий гемоглобин, когда он находится вне красных клеток — это яд для почек).[4]
Органы пищеварения
Зубы у крокодила однотипные, конические, полые внутри — в этих полостях по мере снашивания развиваются новые острые зубы. Каждый зуб сменяется примерно раз в 2 года. При этом зубы верхней и нижней челюстей совмещены таким образом, что против самых крупных зубов одной челюсти находятся самые мелкие зубы второй. Зубы сидят в альвеолах, как у млекопитающих.
Желудок имеет толстые мускульные стенки; в нём, как правило, находят камни-гастролиты, необходимые крокодилу для перетирания пищи (по другой версии, они перемещают центр тяжести крокодила, придавая тому большую устойчивость при плавании).
Органы выделения и размножения
Мочевого пузыря нет, что, вероятно, связано с жизнью в воде. Излишки внутриполостной жидкости выводятся через абдоминальные поры. Клоака в виде продольной щели, в задней части которой у самцов расположен непарный копулятивный орган; по бокам от него лежат железы, выделяющие коричневый секрет с сильным мускусным запахом. Такие же железы имеются на нижней стороне челюсти. Секреция мускусных желез особенно интенсивна в период размножения и, вероятно, служит крокодилам разных полов для нахождения друг друга.